1942-ben Dr. Örösi Pál Zoltán vezetésével megalakult a Méhészeti és Méhbiológiai Intézet. A főbb kutatási témák: a magyarországi méhek fajtajellegének megállapítása, méhészeti szakemberek képzése, méhbetegségek meghatározása, az ellenük való védekezési mód kidolgozása, a méhek virágmegporzó tevékenysége volt. A méhészmunkás képző tanfolyamot megszűntették, az addig képzett méhészek száma 472 volt. A II. világháború alatt az intézmény komoly károkat szenvedett. Méhészete és a teljes méhészeti felszerelés megsemmisült. 1947-ben kezdtek hozzá az intézmény felújításához, amikor ismét elkezdődtek a továbbképző tanfolyamok, beindult az anyanevelés és értékesítés, megindult a tudományos munka.

1952-ben a földművelésügyi kormányzat az Állattenyésztési Kutatóintézet kisállattenyésztési osztályaiból létrehozta Gödöllőn a Kisállattenyésztési Kutatóintézetet, ahol a meglévő alapokon folytatódott a baromfitenyésztési, takarmányozási, prémesállattenyésztési, méhtenyésztési és haltenyésztési kutató-fejlesztő tudományos munka. Abban az időben a Baromfitenyésztési Osztályt Báldy Bálint, a Prémesállattenyésztési Osztályt Anghy Csaba, a Méhtenyésztési Osztályt Örösi Pál Zoltán, a Haltenyésztési Osztályt Jászfalusi Lajos vezette.
A Baromfitenyésztési Osztályon a magyar fajták mellett az erdélyi kopasznyakú tyúk sárga, kendermagos és fehér színváltozatát, továbbá import new hampshire és rhode fajtákat tenyésztettek. Emellett a magyar és rajnai lúd, bronzpulyka, pekingi és magyar kacsa. továbbá a haszongalamb nemesítését is végezték.
1968-ban a mezőgazdasági tárca az egyes állattenyésztési ágazatok tevékenységét átfogó kutatóbázisok kialakítására hozott határozatot. Ennek keretében a KÁTKI az iparszerű baromfihús-termelés, a nyúltenyésztés és a méhtenyésztés komplex kutatásának programvezető intézményévé vált. Ettől kezdve az intézetben fokozatosan túlsúlyba került a saját fajtákra alapozott tenyészállat-forgalmazási tevékenység, ami komoly szaktanácsadói hálózat, ipari- és termelői háttér kialakítását tette szükségessé. Ekkor épült az intézmény takarmánykeverő üzeme, baromfikeltetője, valamint a nagyüzemi tenyésztésre alkalmas baromfi- és nyúltelepe.
Az 1970-es évek közepére a nagy jövedelmezőséget biztosító baromfi- és részben a nyúltenyésztés állami nagyvállalatok, kombinátok kezébe került, melyek fokozatosan monopolhelyzetre tettek szert. Ilyen gazdasági körülmények között a Kisállattenyésztési Kutatóintézet már nem volt versenyképes, a kutatások rovására megerősített nagyüzemi tenyésztői ágazatai tönkrementek.

1980-ban alakult meg az Állattenyésztési és Takarmányozási Kutatóközpont a herceghalmi Állattenyésztési Kutatóintézet és a KÁTKI egyesítésével. Az ÁTK egy évtizedes fennállása során a kisállattenyésztési és kutatási egységek fennmaradtak, így lehetőség nyílt arra, hogy a KÁTKI az 1990-es években ismét önálló státuszt kapjon. A Méhészeti Gyűjteménytár építését 1983-ban fejezték be Nikovitz Antal tervei alapján, az akkor Budapesten tartott 29. Apimondia (Nemzetközi Méhészeti Kongresszus) tiszteletére. A ma is működő múzeumban a méhészkedés legrégebbi eszközei – köztük számos egyedülálló ritkaság – és a modern, ma használatos felszerelési tárgyak és kaptárak kerültek elhelyezésre.

1992-től az intézmény Kisállattenyésztési és Takarmányozási Kutatóintézet (KÁTKI) névvel először a GATE gazdasági felügyelete mellett, majd 1994-től 2005-ig önálló költségvetési szervként működött. Ebben az időszakban – több lényeges átszervezést követően – Dr. Szalay István vezetésével átalakult az intézmény. A hagyományos kutatási egységek megerősödtek, és fokozatosan bővülő fajta- és egyedszámmal 1998-ban létrejött a magyar baromfi génbank az összes hazai őshonos és régóta honosult magyar fajjal és fajtával.

A baromfi génbank mellett kiteljesedett a méh, nyúl, hal, juh, kecske, szarvasmarha és a magyar kutyafajták génmegőrzési tevékenysége. Továbbfejlődtek a méhtenyésztési és nemesítési kutatások (mesterséges termékenyítés), a virágpor méhvonzó hatásának vizsgálata, a varroa atka elleni védekezési kísérletek és a meghatározó vetésterülettel rendelkező napraforgófajták/hibridek méhészeti értékének vizsgálatai.

A KÁTKI neve 2013-ban Haszonállat-génmegőrzési Központra (HáGK) változott, ami pontosabban kifejezte a régi magyar haszonállatokkal végzett, sokrétű génmegőrzési tevékenységet, a régi fajták védelmét, mentését, vidékfejlesztési-hasznosítási programjait, kutatását és oktatását végző intézmény egyre bővülő alapfeladat-körét.

A Nemzeti Biodiverzitás- és Génmegőrzési Központ 2019. június 1-vel jött létre a gödöllői Haszonállat-génmegőrzési Központ tápiószelei Növényi Diverzitás Központba való integrálásával. Ezzel egyidejűleg az intézmény neve Haszonállat-génmegőrzési Intézetre változott (NBGK HGI).