A Növények Génmegőrző Intézete teljes körű növényi génmegőrzési tevékenységet végez, így ellátja a hazai kultúrnövény génforrás-megőrzés bázisintézményi feladatait, a haszonnövények és vad növényfajok génforrásainak genetikai tartalékként történő megőrzését, végzi a szántóföldi, zöldségnövény, gyümölcs és szőlő, valamint a hazai kultúr- és természetes flóra genetikai erőforrásainak felkutatását, felmérését és gyűjtését, különös tekintettel a magyar tájfajtákra és a hazai flóra mezőgazdasági, élelmezési, illetve természetvédelmi szempontból fontos elemeire. Gondoskodik a ritka és kipusztulással fenyegetett hagyományőrző szántóföldi, zöldségnövény, gyümölcstermő növény, szőlő- és dísznövény fajták és tájfajták fenntartásáról és szaporítóanyaguk előállításáról.

Az Agrárminisztérium számára technikai és szakmai támogatást nyújt a hazai növényi génmegőrzési stratégia kialakításához és megvalósításához, a nemzetközi génbank szabványok hazai bevezetéséhez és a hazai növényi génbank tevékenységek szakmai feltételrendszerének összeállításához.

Kialakítja és működteti a hazai génbank gyűjteményekben folyó tevékenységeket megalapozó Nemzeti Génbank Adatbázist, az Országos Bázis Tárolót, valamint az Országos Biztonsági Duplikátum Tárolót. Feladata továbbá a hazai növényi génmegőrzéshez kapcsolódó hazai és nemzetközi együttműködési programok koordinálása, a nemzetközi együttműködési programokban való magyar részvétel megszervezése.